Lounais-Suomessa sijaitsee aivan kaupunkiasutuksen tuntumassa viisi Natura 2000 verkostoon kuuluvaa suojelualuetta: Ruissalo, Rauvolanlahti, Kaarinan metsät, Kuusistonlahti ja Viurilanlahti. Sijaintinsa vuoksi näihin alueisiin kohdistuu voimakasta painetta niin maankäyttö- kuin virkistystarpeiden puolesta. Rehevöityminen ja maankohoaminen muuttavat alueiden  luontoa, kun matalat merenlahdet kasvavat umpeen. Lisäksi pensaikot ja heinäkasvit valtaavat niityt perinteisen maatalouskäytön, etenkin laidunnuksen loputtua. Alueiden luontoarvojen säilyttämiseksi ja palauttamiseksi käynnistyi kesällä 2002 Turun kaupungin koordinoima "Lounais-Suomen urbaanit Natura 2000 alueet" –hanke EU:n Life Luonto –rahoituksen avulla.